Angst hätte ich da weniger, was Header und was Body ist, ist auch für die NEFs ziemlich klar.
Derzeit mache ich das auch so: verschlagworten mittels Schlüsselwörtern in ViewNX, konvertieren mit RSE, nachbearbeiten ggf. mit Photoshop, angucken mit XNview. ViewNX ist dafür einfach viel zu langsam. Dafür ist es bei der RAW-Übersicht deutlich schneller als XNview.
Wäre halt schön, wenn man alles in einem Programm hätte. Wobei ich mittelfristig drüber nachdenke, RSE aus der Kette rauszuschmeißen und alles mit ViewNX und Photoshop zu machen...
XnView kann NEF auch flott darstellen, wenn man einstellt, dass es das integrierte JPG nehmen soll. Dann werden Bilder direkt aus der Kamera aber nur sehr klein dargestellt, weil erst durch CNX ein JPG in voller Auflösung eingebettet wird.
Unter Optionen => Einstellungen => Systemintergration => Adobe Plugins...
...kann man den Pfad zum Adobe Camera Raw Plugin angeben und so öffnet XNView auch die RAWs der Nikon DSLRs. Voraussetzung man hat die richtige ACR-Version für die jeweilige Kamera auf dem Rechner.