Was Du "Grisseln" nennst ist nichts anderes als Bildrauschen. Evtl. hast Du Active D-Lighting aktiviert, das kann je nach Motiv, auch bei niedrigen ISOs Rauschen produzieren, besonders wenn Du knapp belichtest.
Dass die NEFs wesentlich stärker rauschen als die Jpegs ist mir auch aufgefallen. Ich weiß noch nicht, ob es ein Bug von Capture NX ist oder ob sich jemand was dabei gedacht hat, auf jeden Fall musst Du in Capture unter Bildoptimierung die Schärfe um mindestens 2 Werte nach unten korrigieren um die gleiche Schärfe wie im Jpeg zu erhalten. Dann ist aber auch das Rauschen auf dem gleichen, niedrigen Niveau. Ich stelle bei NEFs den Wert 0 oder 1 ein und schärfe dann per USM, meist mit einem Schwellwert von 10, das gibt sehr ausgewogene Ergebnisse.
Noch etwas Kurioses: Wenn Active D-Lighting aktiviert war und man in Capture NX nachträglich einen Belichtungskorrekturwert eingibt, wird die Schärfe grundsätzlich auf 0 gesetzt, ganz gleich welchen Wert man unter Bildoptimierungen für die Schärfe eingibt. Zuerst hielt ich das für einen Bug, mittlerweile glaube ich aber, da hat man sich was bei gedacht. Aktive D-Lighting beeinflusst schon vor der Aufnahme die Belichtung und korrigiert die Tonwertabstufung in den Lichtern äußerst effektiv, sehr viel besser als es Capture durch nachträgliche Bearbeitung kann. Die Schärfung beeinflusst aber ja auch die Tonwertabstufung zwischen benachbarten Pixeln, in den Lichtern sind aber kaum Reserven, so dass ein optimales Ergebnis scheinbar nur vor der A/D-Wandlung eingestellt werden kann. Geschärft wird bei Active D-Lighting also nur und auschließlich mit dem VOR der Aufnahme gewählten Wert, auch bei NEFs. Schaltet man Active D-Lighting in Capture ab, kann auch wieder beliebig geschärft werden, Es geht allerdings die Zeichnung in den Lichtern verloren und kann auch mit allen Tricks nicht anderweitig wieder hergestellt werden.
Das Aufhellen der Schatten beherrscht dagegen D-Lighting in Capture besser. Daher meine Empfehlung für kontrastreiche Motive bei NEF: Matrixmessung, Aufnehmen mit Active D-Lighting in Einstellung "Normal", in Capture den Wert auf "Moderat" reduzieren, Schärfe unter Bildoptimierung auf 0 stellen (wie gesagt, bei Eingabe einer Belichtungskorrektur fällt der Wert automatisch auf 0, auch wenn ein beliebiger Wert angezeigt werden kann), die Schatten aufhellen mittels D-Lighting "Hohe Qualität" und Schärfen mittels USM, z.B. mit den Werten 10-20, 5, 10. Das gibt traumhafte Ergebnisse in Sachen Kontrastumfang, Tonwertabstufung, Schärfe und Rauschen. Bei höheren ISOs sind meiner Meinung nach die von der Kamera gewählten Werte bei der Einstellung "LOW" für High ISO NR optimal.