Was genau meinst Du mit "unter 1/250s", schnellere Zeiten als die 1/250s oder langsamere?
Das Profoto System kenne ich zwar nicht, ich habe aber die Erfahrung gemacht, dass die D810 mit Pocketwizard und Hypersync ein System ist, das vereinzelt nicht nachvollziehbare "Aussetzer" hat, bei denen die schnellen Zeiten nicht einwandfrei synchronisiert werden (bzw. die Auslöung des Blitzes nicht genau getimed ist). Schaltet man dann Kamera und Blitz-Funksender aus und an, ist das Problem meist behoben.
Will damit sagen, dass die Probleme vielschichtig sein können. Bei meiner Kombination vermute ich, dass ein Wechsel von normalen Blitzsynchronzeiten länger als 1/250s auf die kürzeren nicht ohne weiteres machbar ist, da das Timing bei den Kurzzeiten ein grundsätzlich anderes ist als bei den längeren Zeiten.
Vielleicht ist das bei Profoto ähnlich und die entsprechenden Zeiten, nachdem das Gerät und die Kamera aus- und wieder angestellt wurden.
Ansonsten würde ich bei Profoto einfach mal anfragen, die scheinen, zumindest macht das auf der Homepage den Eindruck, einen ordentlichen Support zu haben.
Ein Firmware Update könnte auch die Lösung sein, denn ich meine gelesen zu haben, dass die HSS Version als erstes für Canon implementiert wurde und für Nikon später kommen sollte, der Sender aber schon lieferbar war. Hast Du einen Funksender aus den ersten Chargen, könnte das die Ursache sein.