Die Nikon Kameras hat oben zwischen Prismenvorbau und Griff mit Auslöser eine winzig kleine Glühbirne in einem kleinen Parabolreflektor, die dann aufleuchtet, wenn der AF kein Ziel findet, weil es ihm zu dunkel ist.
Nikon Systemblitzgeräte und kompatible haben ein bis vier rot leuchtende LEDs, die ein Gitter aus roten Lichtstreifen nach vorne projizieren, um dem AF das Ziel zu beleuchten, auch das wird nur aktiviert, wenn es dem AF andernfalls zu dunkel wäre.
Wenn ein Blitzgerät aufgesteckt ist, das über ein AF-Hilfslicht verfügt, wird das Kamera-interne Lämpchen nicht mehr aktiviert.
Deshalb vermute ich, dass das "nicht funktionieren" des AF-Hilfslichts der Yongnuos daran liegt, dass die Kamera es für den AF als nicht zu dunkel empfindet.
Setze doch einfach mal den Objektivdeckel auf das Objektiv und probiere dann!